Le vol du Saint Graal dans la ville de Fuyuki ouvre la voie à un monde parallèle où se déroule une guerre dévastatrice d'une ampleur sans précédent.

En l'année 2015, la population Japonaise s'est de nouveau stabilisée grâce à un nouveau système, le GALAX, qui a permis une meilleur communication et entraide entre les gens après les terribles événements passés. Une jeune étudiante tête en l'air, Hajime Ichinose, va un jour faire la rencontre d'un extraterrestre nommé JJ qui lui donnera son NOTE, un journal de note représentant son âme. Grâce à cette rencontre elle va rejoindre le groupe des Gatchamans, des super-héros réunis par JJ qui ont comme devoir de protéger la Terre de bandits extraterrestres arrivés sur la planète avec qui il semble être impossible de communiquer, les MESS. Cependant Hajime Ichinose ne l'entends pas de cette oreille et va bousculer les habitudes des Gatchamans.

Sakura Kinomoto, désormais collégienne, est depuis quelque temps assaillie de rêves étranges qu'elle ne parvient pas à comprendre. Jusqu'au jour où ses Cartes, semblant victime d'une malédiction, s'effacent. La jeune fille se retrouve alors seule face à de nouveaux dangers, auxquels elle devra faire face en éveillant de nouveaux pouvoirs.

Peripecias alrededor del viaje que Sakura obtiene en una tómbola con destino a Hong-Kong, acompañada por Shaoran, Meiling, Tomoyo, Yukito, Touya y Kero. Ahora Sakura debe enfrentarse con una hechicera que estaba buscando a Clow y que se le aparecía en sus sueños.

Dans un lycée, le directeur fait son discours de bienvenue. C'est à ce moment que débarquent, de façon plus ou moins spectaculaire, cinq filles : Ayanokôji Miyuki, Shu Reika, Ryûzaki Yôko, Nina Kirov et Ayanokôji Kimiko, ainsi qu'un inspecteur de police. Ce dernier montre aux cinq filles une vidéo dans laquelle elles sont explicitement menacée. Elles sont donc logiquement placées sous surveillance policière. Mais ces dernières ne veulent pas de protection et se débrouillent pour se débarrasser des policiers. C'est alors que le lycée est attaqué...

La trama de la historia gira en torno a unos extraños sucesos que ocurren en la ciudad. Según parece, todo esto es obra de una carta clow desconocida que posee un poder negativo. Shaoran y Meiling vuelven a Japón para darle una sorpresa a Sakura que ahora tendrá que capturar a la carta desconocida y declararle su amor a Li.

Hakuno Kishinami se réveille sans aucun souvenir au beau milieu d'une guerre féroce dont l'enjeu est le Saint-Graal. Malgré sa confusion, il doit se battre pour survivre.